Carlota Joaquina Teresa Caetana de Bourbón e Bourbón nasceu a 25 de abril de 1775 em Espanha, no Palácio Real de Arajuez. Era a filha primogénita de D. Carlos IV (Rei de Espanha) e da rainha D. Maria Luísa de Parma. Desde muito nova teve o destino traçado: deveria casar com o infante D. João de Portugal, futuro rei do nosso país.
Em 08 de maio de 1785 com apenas dez anos de idade D. Carlota Joaquina casou-se com o infante D. João Maria de Bragança com então 18 anos. Carlota foi recebida com receio na corte portuguesa por ser espanhola e acabou por procurar refúgio e amizade na rainha D. Maria I que ascendeu ao trono em 24 de Fevereiro de 1777.
A partir de 1788 os acontecimentos que mudariam a vida de Carlota Joaquina sucedem-se de forma vertiginosa. Em 11 de Setembro desse ano, o herdeiro da coroa portuguesa D. José (irmão mais velho de D. João), faleceu vítima de varíola aos 27 anos, tendo Carlota e seu marido passado a ser os novos herdeiros do trono português.
Apesar de Carlota nunca se ter resignado com o destino que lhe foi dado pelos pais, acabou por se tornar a rainha consorte do Reino Unido de Portugal, Brasil e Algarves, tendo assumido a regência do país em algumas ocasiões pontuais.
Contudo, a sua personalidade bem marcada e forte acabou por se tornar um estorvo na vida do rei, com o povo a odiá-la devido aos seus caprichos e a corte sem lhe votar grande estima. Era acusada de influenciar negativamente o rei a favor da Coroa Espanhola, entre outras acusações de caráter igualmente sério, como a de conspiração política.
A sua má fama crescia de dia para dia, com os elogios a escassearem e as críticas a subirem de tom com acusações de infidelidade. Sabe-se que Carlota foi realmente uma esposa infiel e manipuladora, tendo conspirado contra o marido por este ser liberal.
Ao que se sabe, na história de Portugal nenhum rei foi mais enganado pela esposa que D. João VI. Enquanto este se ocupava com o reino, a rainha colecionava amantes, desde o Marquês de Marialva a um simples cocheiro da quinta do Ramalhão (e de quem as más-línguas diziam que D. Miguel era filho).
A criação da caipirinha tem sido atribuída à rainha, sendo que ela terá mandado misturar frutas com cachaça, com a ideia de fazer compotas. Para se refrescar, no entanto, foi ingerindo a mistura com gelo, e a moda acabou por pegar.
Analisando a lista de compras do seu palácio, podem-se encontrar quantidades absurdas de aguardente de cana. A rainha consumiria em excesso esta bebida, chegando a beber 20 litros de caipirinha por dia!
Carlota Joaquina tinha uma personalidade forte e talvez fosse demasiado ambiciosa. Em 1806, D. João descobriu que a sua esposa tramava contra ele quando percebeu que ela tinha enviado uma carta ao seu pai, que havia ascendido ao trono de Espanha em Dezembro de 1788, incitando-o a invadir Portugal. A partir de então o casal distanciou-se e a sua relação passou a ser marcada pela desconfiança mútua.
Em terras brasileiras as intrigas políticas nas quais Carlota Joaquina estava envolvida não acabaram. Em Março de 1808, D. Carlota pretendia converter-se na máxima autoridade do Vice-Reino do Rio da Prata (atual Argentina) e do Vice-Reino do Peru. Alegava que era a única representante legitima da casa de Bourbon espanhola que não havia sucumbido ao poder de Napoleão.
Faleceu em 07 de Janeiro de 1830 com 54 anos depois de uma vida conturbada e cheia de intrigas políticas. Alguns historiados afirmam que teria posto fim à própria vida por causa do seu isolamento e afastamento dos filhos. Foi sepultada no Panteão Real da Dinastia de Bragança, ao lado marido, no Mosteiro de São Vicente de Fora em Lisboa, onde repousa até os dias de hoje.